ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ে ২০২৩-২৪ শিক্ষাবর্ষে এমফিল ও পিএইচডি প্রোগ্রামে দরখাস্ত আহ্বান করা হয়েছে। গবেষণার নিমিত্তে রেজিস্ট্রেশনের জন্য বিভিন্ন অনুষদভুক্ত ২৬টি বিভাগে বিশ্ববিদ্যালয়ের নির্ধারিত ফরমে এ দরখাস্ত আহ্বান করা হয়।  

বিশ্ববিদ্যালয়ের সংবাদ বিজ্ঞপ্তিতে বলা হয়েছে, বিভাগগুলো হলো ধর্মতত্ত্ব ও ইসলামি শিক্ষা অনুষদভুক্ত আল কোরআন অ্যান্ড ইসলামিক স্টাডিজ বিভাগ, দাওয়াহ অ্যান্ড ইসলামিক স্টাডিজ বিভাগ এবং আল হাদিস অ্যান্ড ইসলামিক স্টাডিজ বিভাগ; কলা অনুষদভুক্ত আরবি ভাষা ও সাহিত্য বিভাগ, বাংলা বিভাগ, ইংরেজি বিভাগ এবং ইসলামের ইতিহাস ও সংস্কৃতি বিভাগ; সামাজিক বিজ্ঞান অনুষদভুক্ত অর্থনীতি বিভাগ, রাষ্ট্রবিজ্ঞান বিভাগ, লোকপ্রশাসন বিভাগ এবং ফোকলোর স্টাডিজ বিভাগ; আইন অনুষদভুক্ত আইন বিভাগ এবং আল ফিকাহ অ্যান্ড লিগ্যাল স্টাডিজ বিভাগ, ব্যবসায় প্রশাসন অনুষদভুক্ত হিসাববিজ্ঞান ও তথ্যপদ্ধতি বিভাগ, ব্যবস্থাপনা বিভাগ, ফিন্যান্স অ্যান্ড ব্যাংকিং বিভাগ, মার্কেটিং বিভাগ এবং হিউম্যান রিসোর্স ম্যানেজমেন্ট বিভাগ; বিজ্ঞান অনুষদভুক্ত গণিত বিভাগ এবং পরিসংখ্যান বিভাগ; প্রকৌশল ও প্রযুক্তি অনুষদভুক্ত ইলেকট্রিক্যাল অ্যান্ড ইলেকট্রনিকস ইঞ্জিনিয়ারিং বিভাগ, ফলিত রসায়ন ও কেমিকৌশল বিভাগ, কম্পিউটার সায়েন্স অ্যান্ড ইঞ্জিনিয়ারিং বিভাগ এবং ইনফরমেশন অ্যান্ড কমিউনিকেশন টেকনোলজি বিভাগ; জীববিজ্ঞান অনুষদভুক্ত বায়োটেকনোলজি অ্যান্ড জেনেটিক ইঞ্জিনিয়ারিং বিভাগ এবং ফলিত পুষ্টি ও খাদ্যপ্রযুক্তি বিভাগ।